中、西醫(yī)學運用不同的思維模式診治疾病，其基本理論各成體系并有根本差異。中西醫(yī)學的差異不僅僅是有否實證的科學理念，最主要的是兩種文化體系的差別。從理論上講，中西醫(yī)學是兩種不可能統(tǒng)一的醫(yī)學體系。“中體西用”曾成為中西醫(yī)匯通派的指導思想，但由于兩種醫(yī)學的根基不同，硬在中醫(yī)之體上套上西醫(yī)之用，近一個世紀的事實證明，“匯通醫(yī)學的體用判斷脫離了中西醫(yī)學的事實認識，以價值認識代替了事實認識，決定最終結(jié)果勞而無功”，因此，中、西醫(yī)學應并存共榮而不必強求統(tǒng)一。

盡管目前中、西醫(yī)學還不可能融合成為一種統(tǒng)一的醫(yī)學模式，但可以獨立發(fā)展，并存共榮，整合互補。緣于現(xiàn)代信息論、系統(tǒng)論和控制論的影響，西醫(yī)學的發(fā)展趨勢若僅僅是單純地重視分析而忽略了整體結(jié)構和整體功能，無疑將漸行漸窄。而中醫(yī)講究“感悟”，未免夾帶有很多主觀因素，難以客觀地定量，定性。若中醫(yī)的診察疾病能參考現(xiàn)代醫(yī)學的微觀分析，將辨證與辨病相結(jié)合，實現(xiàn)宏觀與微觀的統(tǒng)一，使中醫(yī)診斷客觀化，即把分析與綜合相結(jié)合的方法引入中醫(yī)理、法、方、藥的研究，使二者有機結(jié)合，互相借鑒、補充，避免各自的片面性、局限性，這將有利于中西醫(yī)學的優(yōu)勢互補，“和而不同”，多元發(fā)展。近年來，中醫(yī)藥在防治非典、禽流感和艾滋病方面發(fā)揮的獨特作用也證實了二者的有機結(jié)合，具有肯定的臨床療效。