炭疽桿菌能產生毒力很強的外毒素，其是由三種毒性蛋白即保護性抗原(protectiveantigen，PA)、水腫因子(edema factor，EF)及致病因子(lethal factor，LF)所組成的復合體?？梢鸾M織水腫和出血。其莢膜多糖抗原可保護該菌不被吞噬細胞所吞噬。炭疽桿菌芽孢常從皮膚侵人，在皮下迅速繁殖產生強烈外毒素和形成抗吞噬的莢膜，引起局部組織缺血、壞死和周圍水腫以及毒血癥。其莢膜多糖抗原可阻礙細胞吞噬作用，使該菌易于擴散而引起鄰近淋巴結炎和毒血癥，以至侵人血流發(fā)生敗血癥。該菌也可以從呼吸道吸入，引起嚴重肺炎和肺門淋巴結炎;或經胃腸道侵人，引起急性腸炎和局部腸系膜淋巴結炎。也有經口咽黏膜侵人的，引起口咽炭疽。患肺炎和腸炎者易發(fā)生敗血癥。如發(fā)生敗血癥，則該菌播散全身，引起各組織器官的炎癥，如并發(fā)血源性肺炎和腦膜炎等。炭疽桿菌的外毒素可損傷微血管的內皮細胞而釋放出組織凝血活酶，導致DIC，也可引起微循環(huán)障礙而發(fā)生感染性休克。