盡管人胚胎干細胞有著巨大的醫(yī)學應用潛力，但圍繞該研究的倫理道德問題也隨之出現(xiàn)。這些問題主要包括人胚胎干細胞的來源是否合乎法律及道德，應用潛力是否會引起倫理及法律問題。從體外受精人胚中獲得的ES細胞在適當條件下能否發(fā)育成人？干細胞要是來自自愿終止妊娠的孕婦該如何辦？為獲得ES細胞而殺死人胚是否道德？是不是良好的愿望為邪惡的手段提供了正當理由？使用來自自發(fā)或事故流產(chǎn)胚胎的細胞是否恰當？一些人爭辯，從人胚中收集胚胎干細胞是不道德的，因為人的生命沒有得到珍重，人的胚胎也是生命的一種形式，無論目的如何高尚，破壞人胚是不可想象的。而某些人辯稱，由于科學家們沒有殺死細胞，而只是改變了其命運，因而是道德的。有些人擔心，為獲得更多的細胞系，公司會資助體外受精獲得囊胚及人工流產(chǎn)獲得胎兒組織。他們建議應該鼓勵成人體干細胞研究而應放棄胚胎干細胞研究。

如果胚胎干細胞和胚胎生殖細胞可以作為細胞系而可買賣獲取，科學家使用它們符合道德規(guī)范嗎？什么類型的研究可被接受？能允許科學家為研究發(fā)育過程或建立醫(yī)學移植組織而培養(yǎng)個體組織和器官嗎？由于目前已接受人體基因可以插入動物細胞中，將人胚胎干細胞嵌入家畜胚胎中創(chuàng)立嵌合體來獲得移植用人體器官是否道德？為了治療，改變來自有基因缺陷胚胎的ES細胞的基因，并使其繼續(xù)發(fā)育成健康個體是否道德？如果人的替代組織極易獲取，會不會有更多的人將不負責任地生活，而從事高風險的活動？這些問題很難簡單回答，必須認真研究人胚胎干細胞研究涉及的倫理、社會、法律、醫(yī)學、神學和道德問題。

考慮到美國法律禁止使用政府資金資助人胚胎研究，美國國立衛(wèi)生研究所(NIH)主任沃馬斯教授曾向主管NIH的政府部門——美國衛(wèi)生和福利部（DHHS）咨詢有關法律意見。DHHS在1998年12月決定：“美國國會關于禁止人胚胎研究的法案不適用于胚胎干細胞研究，因為按目前的定義胚胎干細胞不等于胚胎”，此外，“由于胚胎干細胞植入子宮后，不具有依靠自身發(fā)育成個體人的能力，不能將其視為人胚胎。”因此，DHHS可以資助來自胚胎的多能干細胞的研究。至于人胚胎生殖細胞，因為胚胎生殖細胞來自無活力的胎兒，獲得和使用此類細胞符合聯(lián)邦法律有關胎兒組織研究的規(guī)定，因而也可獲得DHHS資助。對此決定人們反應不一。美國73位著名科學家（其中67位是諾貝爾獎獲得者）馬上聯(lián)名表示支持，稱這一決定是值得贊賞和高瞻遠矚的（Science,1999,Vol283:1849），某類研究引起如此眾多諾貝爾獎得主的關注在科學史上是絕無僅有的，這也從一個側(cè)面反映了胚胎干細胞研究的重要性及艱巨性。美國幾個頗具影響的學術團體如美國實驗生物學會聯(lián)盟，美國細胞生物學會和美國發(fā)育生物學會也都支持有關聯(lián)邦資金可以資助人胚胎干細胞研究的決定。民主黨參議員湯姆。哈金稱這一決定將為科學發(fā)現(xiàn)許多疾病的新療法鋪平道路，并且強調(diào)政府不應該對醫(yī)學研究設置禁令。NIH主任沃馬斯稱這項科研工作的前景將燦爛輝煌，不過他還是提醒研究人員，用聯(lián)邦資金從事獲得新的胚胎干細胞系仍違法，但是科學家可以使用聯(lián)邦資金對湯姆生和吉爾哈特獲得的人胚胎干細胞系進行研究。

DHHS有關ES細胞研究的規(guī)定卻遭到某些國會、教會和人權(quán)組織人士的反對。天主教人士道爾福林格指責這一規(guī)定嚴重違反目前法律精神：“他們將用私人資金摧毀胚胎，而用聯(lián)邦資金從事胚胎實驗。”在1999年2月，70位眾議員在一封寫給衛(wèi)生和福利部部長的信中要求廢除此項規(guī)定，稱它“違犯了美國政府嚴禁資助破壞人胚胎的實驗研究的聯(lián)邦法律條文和精神”。美國生命聯(lián)盟人權(quán)組織主席朱迪布朗抗議使用干細胞，因為它們來自應受美國法律保護的可發(fā)育成人的胚胎。國會議員杰.迪凱極力反對該規(guī)定，甚至要將DHHS告上法庭，他認為目前的法律不允許聯(lián)邦資金用于胚胎干細胞研究，也不必對此做任何修改，他強調(diào)“科學應為人類服務，而不是人為科學服務”。反墮胎活動分子更是要求國會干預和阻撓此類研究。在廣泛聽取各方意見的基礎上，NIH在NBAC的指導下終于在1999年12月公布了“關于胚胎干細胞研究的指導原則”。

從表中可以看出，再用湯姆生的方法從人胚中獲得新的胚胎干細胞系是違法的，但允許對已獲得的來自人胚的細胞系進行研究。對于用吉爾哈特方法獲得、使用和研究來自胎兒組織的細胞系則相對寬容。盡管該規(guī)定還很苛刻，但畢竟為人胚胎干細胞的研究打開了大門。