百合科是大而龐雜的科。按傳統(tǒng)的分類系統(tǒng)，在單子葉植物中，凡具花冠狀花被、上位子房和6枚雄蕊者，均歸入百合科中。但許多學(xué)者持不同的看法，如J.哈欽森（1934）主張從百合科中分出櫻井草科(Petrosaviaceae)、延齡草科(Trilliaceae)、菝葜科（Smilacaceae)、假葉樹科（Ruscaceae)和Philesiaceae等。此外，他還把蔥族（Allieae）與百子蓮族（Apa-gantheae)移至石蒜科中。塔赫塔江（1980)將百合科細分成16個科，而H.T.達爾格倫和H.T.克利福德（1982)則分成25個科。后兩位學(xué)者的百合科概念，縮小到只剩下14個屬。

除百合科本身的分類問題有較大的爭論外，它與雙子葉植物的關(guān)系也引起人們很大的興趣，例如田村道夫（1974）認為百合科系由雙子葉植物毛茛科衍生而來的，此說得到一些中國學(xué)者的支持。

廣義的百合科包括13個亞科。

1、墨花亞科

根狀莖，罕有鱗莖；具莖生葉，極小腐生無葉；花通常排成頂生或腋生的花序，極罕單生；花藥一般外向；果實為蒴果。包括6族；中國產(chǎn)5族，常見的屬有巖菖蒲屬(Tofieldia)、櫻井草屬(Petrosavia)、藜蘆屬（Veratrum)以及油點草屬（Tricyrtis)等。

2、何瑞爾亞科（Herrerioideae)

根狀莖塊莖狀；莖直立或纏繞；葉成簇，基生或側(cè)生；花排成總狀花序或圓錐花序；花被片離生；心皮與花柱均合生；蒴果3深裂，室背開裂。包括3屬，中國不產(chǎn)。

3、阿福花亞科（Asphodeloideae) 根狀莖，有時呈塊狀并具肉質(zhì)根，很少為塊莖或鱗莖，葉通常近于基生，成簇；花序頂生；花藥外向，有時頂端開裂；蒴果室背開裂或罕有室間開裂，極少漿果狀。包括7族；中國產(chǎn)4族，常見的屬有山菅屬(Dianella)、獨尾草屬（Eremurus）、吊蘭屬(Chlorophytum)、萱草屬(Hemerocallis)等。

4、吳木比亞科（Wurmbaeoideae)

塊莖球莖或匍匐莖；葉大多為莖生，極少頂端卷須狀；花通常排成穗狀花序或總狀花序，極少單生于葉腋；花被片離生或基部合生；花藥外向或內(nèi)向；蒴果多為室間開裂，較少室背開裂。包括6族，比較著名的有秋水仙（Colchicumautumnale)；中國產(chǎn)2族，只有2種，即山慈姑(Iphieniaindica)與嘉蘭(Gloriosasuperba)。

5、百合亞科（Lilioideae)

鱗莖。莖直立 具1枚至多枚葉；花排成頂生的總狀花序或近傘形花序，或單朵頂生，不具總苞；花被片離生；花藥內(nèi)向；胚珠多數(shù)；蒴果室背開裂，罕有室間開裂。包括4族；中國產(chǎn)3族，常見的屬有郁金香屬、頂冰花屬（Gaea)、百合屬、貝母屬、豹子花屬（Nomocharis)等。

6、六出花亞科（Alstroemerioideae)

根狀莖，有時有塊根；莖直立或攀援，有葉；花排成頂生聚傘花序，有時為不規(guī)則的總狀花序，較少單生；花被片僅基部合生并連合于子房；花藥假基著；子房假下位，3～1室；蒴果通常室背開裂。包括4屬，中國不產(chǎn)。

7、綿棗兒亞科（Scilloideae)

鱗莖；葉通?；儆性诳偁罨ㄐ蝽敹司呷~簇；花排成頂生的穗狀花序、總狀花序或傘狀的頭狀花序；花被片離生或不同程度的合生；花藥內(nèi)向；蒴果室背開裂，包括3族；中國產(chǎn)2族，共2種，即綿棗兒(Scillascilloides)和穗花韭(Milulaspicata)。

8、蔥亞科（Allioideae)

鱗莖，具或不具根狀莖；葉基生；花排成傘形花序，外有2至多枚總苞片，花被片離生或多少合生；蒴果室背開裂。包括3族；中國產(chǎn)1族1屬，即蔥屬。

9、天門冬亞科（Asparagoideae)

根狀莖長或短；莖直立或攀援；葉莖生或退化成鱗片狀；花排成總狀花序、穗狀花序、傘形花序或圓錐花序，頂生或腋生，較少單朵頂生；花被片離生或合生成筒；漿果。包括5族；中國產(chǎn)4族，常見的屬有鈴蘭屬（Convallaria）、開口箭屬（Tupistra)、黃精屬、重樓屬(Paris)、天門冬屬等。

10、沿階草亞科（Ophiopogonoideae) 根狀莖粗短，有時有匍匐莖；葉狹長或披針形，基生或成簇生于伏地的莖上；花排成頂生的總狀花序；花被片離生或合生成管，花絲有時合生成環(huán)狀；花藥半內(nèi)向；子房有時半下位；果皮早期破裂露出1～3個種子，種子具肉質(zhì)種皮而呈漿果狀。包括2族共3屬，即沿階草屬、山麥冬屬(Liriope)和球子草屬(Peliosanthes)，中國均產(chǎn)。

11、粉條兒菜亞科（Aletroideae)

根狀莖短；葉基生，線形至披針形；花排成頂生總狀花序；花被片合生成管狀，下部與子房連合；花藥半內(nèi)向；子房半下位；蒴果室背開裂。包括2屬，中國產(chǎn)1屬，即粉條兒菜屬(Aletris)。

12、蘆梓亞科（Luzuriagoideae) 灌木、半灌木或攀援木本；莖常分枝；花排成聚傘花序，頂生或腋生，極罕退化成1～3朵；花被片離生，罕有稍合生；雄蕊離生或基部合生成環(huán)狀；子房上位或下位；漿果。包括8屬，中國不產(chǎn)。

13、菝葜亞科（Smilacoideae)

灌木或罕有草本，攀援或直立；葉3～5脈，間有網(wǎng)狀脈；花排成傘形花序、穗狀花序、總狀花序或圓錐花序，通常雌雄異株，罕有兩性花；花被片離生或合生成管；花藥內(nèi)向，藥室匯合成一室；漿果。有菝葜屬與肖菝葜屬(Heterosmilax)，中國均產(chǎn)。