鵝掌楸在自然條件下，種子飽滿率一般不到15%，而種子發(fā)芽率僅在5%以下，造成這種低結(jié)實率的原因是多方面的。

鵝掌楸為蟲媒花植物，但花色單調(diào)，花瓣為綠色，缺乏對多數(shù)昆蟲的招引力，花期又一般多在4－5月份，正值長江流域多雨季節(jié)，氣溫變化較大，偶遇低溫，妨礙了昆蟲正?；顒?，因而也常影響花粉的傳播和受精，降低了天然的結(jié)實率。樊汝文、尹增芳、周堅等系統(tǒng)觀察了鵝掌楸的花芽分化以及果實成熟達到整個發(fā)育過程。鵝掌楸屬雌雄同株同花，通常雌蕊早熟于花瓣展開之前，而這時雄蕊尚未成熟，存在自花授粉隔離機制；花瓣展開后，柱頭又很快變褐，可受氣極短，雌雄配子敗育現(xiàn)象普遍存在，且存在花粉管生長受阻，胚和胚乳發(fā)育不協(xié)調(diào)等現(xiàn)象。故生殖生物學(xué)障礙是導(dǎo)致鵝掌楸結(jié)實率低而瀕危的主要原因。

除上述由于花部構(gòu)造特化和受精過程的遺傳障礙而大大地降低天然結(jié)實率外，現(xiàn)存種群達到規(guī)模極小，資源配置不合理，長期異交繁殖在基因庫中必然積累大量隱性有害基因，居群內(nèi)個體間近交系數(shù)增大，而發(fā)生自交，遺傳漂變等也影響種群生存能力。又根據(jù)Parkws和Wendel對來自安徽、江西鵝掌楸種子同功酶分析，中國鵝掌楸遺傳多樣性水平低于北美鵝掌楸。這些也在一定程度上影響了自然結(jié)實率。

再從生態(tài)角度分析，賀善安等認為原由適生環(huán)境已遭嚴(yán)重破壞，鵝掌楸長期處于非適宜生境中，也是導(dǎo)致該物種趨向瀕危的原因之一。