《本經(jīng)》原本早已散佚。現(xiàn)所見者，大多是從《證類本草》、《本草綱目》等書所引用的《本經(jīng)》內(nèi)容而輯成的。由于重輯者的著眼點和取材不同，因而各種輯本的形式和某些內(nèi)容有一定的差異。常見的輯本有：

1．盧復輯《神農(nóng)本經(jīng)》三卷（公元1602~1616年，明萬歷30－44年）。是從《證類本草》和《本草綱目》中摘出所引的《本經(jīng)》原文編輯而成。

2．孫星衍、孫馮翼同輯《神農(nóng)本草經(jīng)》三卷（公元1799年，清嘉慶4年）。是從《證類本草》上的白字輯出。并在每條正文之后，引用了《吳普本草》、《名醫(yī)別錄》、《淮南子》、《抱樸子》、《太平御覽》、《爾雅》、《說文》等古書，詳加考證，引證詳實，資料豐富，是較好的一種輯本。

3．顧觀光輯《神農(nóng)本草經(jīng)》四卷（公元1844年，清道光24年）此書分序錄、上品、中品、下品四部分。藥品次序是依照《本草綱目》卷二所載《神農(nóng)本草經(jīng)》目錄排列的。經(jīng)文均依《證類本草》。唐、宋類書所引有出于《證類本草》之外的，也一并輯人。

4．森立之（日本人）輯《神農(nóng)本草》四卷（公元1854年，日本嘉永7年，清咸豐4年）。依據(jù)《千金方》、《醫(yī)心方》、《唐本草》、《證類本草》、《本草和名》等重輯而成。別作“考異”，附之于后。

5．王閻運輯《神農(nóng)本草經(jīng)》三卷（公元1885年，清光緒11年）。是從《證類本草》輯出。王氏對醫(yī)學和考據(jù)學都不是內(nèi)行，所以此書內(nèi)容是比較草率的。

6．姜國伊輯《神農(nóng)本經(jīng)》一冊，未分卷（公元1892年，清光緒18年）。是根據(jù)《本草綱目》等輯成。

上述六種輯本，以孫、顧的輯本流行較廣。這些輯本經(jīng)重輯者的研究考證，基本上已接近原來的面目。

現(xiàn)知歷史上有《本經(jīng)》輯本16種。主要有：

1．南宋王介首次輯此書之佚文，成《本草正經(jīng)》3卷，今佚。

2．明末盧復（不遠）所輯《神農(nóng)本經(jīng)》3卷，目錄依《本草綱目》所出，正文取自《證類本草》。

3．清過孟起（繹之）輯《本草經(jīng)》3卷（1687年），佚文取自《證類本草》，今僅存殘卷。

4．清孫星衍（淵如）、孫馮翼（鳳卿）合輯《神農(nóng)本草經(jīng)》3卷（1799年），每藥增補生長環(huán)境內(nèi)容，又輯入《吳氏本草》、《名醫(yī)別錄》及若干藥物考證資料，考證精詳。

5．清顧觀光（尚之）輯《神農(nóng)本草經(jīng)》4卷（約1844年），略加考校。

6．清汪宏（廣庵）自稱得《嘉本草》宋本，據(jù)此輯《神農(nóng)本草經(jīng)》3卷（1885年）。然或謂汪氏所輯，并非依據(jù)宋本《本經(jīng)》。

7．清末王?運（紉秋）輯《神農(nóng)本草經(jīng)》3卷（1885年），收藥360種，亦托稱得宋嘉年間《神農(nóng)本草經(jīng)》刊本。

8．劉復取王氏輯本，兼參孫星衍、顧觀光所輯，刊《神農(nóng)本草》（1942年）。

9．清姜國伊（尹人）輯《神農(nóng)本經(jīng)》（1862～1892年），排列及佚文悉遵《本草綱目》。

10．近人尚志鈞輯成《神農(nóng)本草經(jīng)校點》（1983年），集取眾人之長，詳加校訂。

11．曹元宇輯《本草經(jīng)》（1987年）3卷，

12．王筠默《神農(nóng)本草經(jīng)》（1988年）3卷。

13．日本森立之輯《神農(nóng)本草經(jīng)》3卷，附《序錄》1卷、《考異》1卷。該輯本引證廣博，考證精詳。