亞麻子呈扁卵圓形，一側較薄，一端鈍圓，他端尖，并歪向一側，長約4～6毫米，寬約2～3毫米，厚約1.5毫米。表面棕色，平滑而有光澤；擴大鏡下可見微小的凹點，種臍位于尖端凹入部分，種脊淺棕色，位于一側邊緣。種皮薄，除去后，可見棕色薄膜狀的胚乳，其內面有2片一面平、一面突起的大形子葉，黃色，富油性，胚根朝向種子的尖端。浸在水中，表皮中的粘液膨脹而成一粘液套，包圍整個種子。嚼之帶粘液性，油樣，氣無。以色紅棕、光亮、飽滿、純凈者為佳。