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牙本質的間質為礦化的間質，其中有很細的膠原纖維，主要為Ⅰ型膠原。纖維的排列大部分與牙表面平行而與牙本質小管垂直，彼此交織成網狀。在冠部靠近釉質和根部靠近牙骨質最先形成的牙本質，膠原纖維的排列與小管平行，且與表面垂直，礦化均勻，鏡下呈現(xiàn)不同的外觀，在冠部者稱罩牙本質，厚約10——15μm；在根部者稱透明層。在罩牙本質和透明層以內的牙本質稱髓周牙本質。

間質中羥磷灰石晶體比釉質中的小，這些晶體沉積于基質內，其長軸與膠原纖維平行。

間質中的礦化并不是均勻的，在下列不同區(qū)域其鈣化程度不同：

（1）小管周牙本質：在鏡下觀察牙本質的橫剖磨片時，可清楚見到圍繞成牙本質細胞突起周圍的間質與其余部分不同，呈環(huán)形的透明帶，構成牙本質小管的壁，稱為管周牙本質。管周牙本質鈣化程度高，含膠原纖維少。

（2）小管間牙本質：位于管周牙本質之間。其中膠原纖維較多，礦化較管周牙本質低。

（3）前期牙本質：牙本質的形成是持續(xù)性的，在成牙本質細胞和礦化牙本質之間是一層未鈣化的牙本質，稱為前期牙本質。

（4）小球間牙本質：牙本質的鈣化是由許多鈣質小球融合而成的。在牙本質鈣化不良時，鈣質小球之間遺留一些未鈣化的間質，其中仍有牙本質小管通過，此未鈣化的區(qū)域稱為小球間牙本質。小球間牙本質主要見于牙冠部近釉牙本質界處，沿著牙的生長線分布，大小不規(guī)則，其邊緣多呈凹形，很像許多相接球體之間的空隙。

（5）生長線：生長線又稱馮。埃布納（yon Ebner）線，是一些與牙本質小管垂直的間歇線紋。它表示牙本質的生長發(fā)育是周期性的，活動和靜止相互交替。牙本質的形成是從牙尖開始的，有規(guī)律地成層進行。生長線有節(jié)律的間歇即為每天牙本質沉積的厚度，約4——8μm.如發(fā)育期間受到障礙，則形成加重的生長線，稱為歐文線（Owen line）。乳牙和第一恒磨牙的牙本質在出生前和出生后形成的牙本質之間也有一明顯的生長線，即新生線。

（6）托姆斯顆粒層：在牙齒縱剖磨片中，可見根部牙本質透明層的內側有一層顆粒狀的未礦化區(qū)。磨片下為不透光的黑色區(qū)。其形成的原因有人認為是成牙本質細胞突起的末端膨大，或為末端彎曲所成，也有人認為是礦化不全所致。

（7）繼發(fā)性牙本質：當牙發(fā)育至根尖孔形成時，牙發(fā)育即完成，至此以前形成的牙本質稱原發(fā)性牙本質。但此后牙本質仍在一生中不斷形成，這種牙發(fā)育完成后形成的牙本質即繼發(fā)性牙本質。繼發(fā)性牙本質中牙本質小管的走行方向較原發(fā)性者有較大的變異，小管也更不規(guī)則。繼發(fā)性牙本質小管方向稍呈水平，使其與牙發(fā)育期所形成的原發(fā)性牙本質之間常有一明顯的分界線。在髓腔特別是髓室內側，繼發(fā)性牙本質呈不均勻分布，受刺激大的區(qū)域繼發(fā)性牙本質形成的也多。由于繼發(fā)性牙本質不斷形成，使髓腔變小。

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