安徽中醫(yī)藥大學(xué)的研究機構(gòu)：

截至2014年12月，學(xué)校有4個省級科技創(chuàng)新團隊，24個省級以上重點實驗室及工程（技術(shù)）研究中心，建立了安徽省計算機中醫(yī)應(yīng)用研究所、臨床醫(yī)學(xué)研究所、現(xiàn)代中藥研究中心、科研實驗中心、藥物研究所、中西醫(yī)結(jié)合研究所、新安醫(yī)學(xué)研究中心、中醫(yī)藥研究所、神經(jīng)病學(xué)研究所等研究機構(gòu)，此外該校還建立了安徽省中藥材科技產(chǎn)業(yè)戰(zhàn)略聯(lián)盟。

教育部重點實驗室：醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)搜集整理新安醫(yī)學(xué)教育部重點實驗室

安徽省重點實驗室：針灸基礎(chǔ)與技術(shù)安徽省重點實驗室、現(xiàn)代中藥安徽省重點實驗室、安徽省中藥研究與開發(fā)重點實驗室

安徽省工程技術(shù)研究中心：現(xiàn)代中藥安徽省工程技術(shù)研究中心

安徽省2011協(xié)同創(chuàng)新中心：安徽道地中藥品質(zhì)提升協(xié)同創(chuàng)新中心

國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研實驗室（基地）：現(xiàn)代中醫(yī)內(nèi)科應(yīng)用基礎(chǔ)與開發(fā)研究實驗室、數(shù)字化影像技術(shù)實驗室、中藥藥劑實驗室、神經(jīng)生物學(xué)（針灸）實驗室、免疫實驗室、細胞分子生物學(xué)（腦?。嶒炇?、慢性阻塞性肺疾病肺氣虛證重點研究室、國家中醫(yī)臨床研究基地