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一般根據(jù)蟲(chóng)體寄生的部位,將原蟲(chóng)病分為：

①腸道原蟲(chóng)感染。如腸阿米巴病等。臨床上常有腹痛、腹瀉，排稀便或膿血便，糞便中?？烧业阶甜B(yǎng)體或包囊。

②肝臟及膽道原蟲(chóng)感染。如阿米巴肝膿腫等。臨床上常有發(fā)熱、肝區(qū)疼痛、肝臟腫大并有壓痛等。

③血液及淋巴系統(tǒng)原蟲(chóng)感染。如瘧疾、巴貝原蟲(chóng)病等。?？捎芯植炕蛉硇粤馨徒Y(jié)腫大、貧血、發(fā)冷、發(fā)熱等。

④神經(jīng)系統(tǒng)原蟲(chóng)病染。如原發(fā)性阿米巴腦膜腦炎、非洲錐蟲(chóng)病、腦型瘧等。常有發(fā)熱、頭痛、顱內(nèi)壓增高、癲癇、昏迷等。

⑤皮膚和肌肉原蟲(chóng)感染。如皮膚阿米巴病、皮膚利什曼氏原蟲(chóng)病等。?？沙霈F(xiàn)皮膚紅腫、潰瘍等。

⑥肺部原蟲(chóng)感染。如卡氏肺孢子蟲(chóng)病、阿米巴肺膿腫等。常有發(fā)熱、胸痛、咳嗽、干咳或咳出膿痰，痰中有時(shí)可找到蟲(chóng)體。

⑦眼部原蟲(chóng)感染。如眼弓形蟲(chóng)病。表現(xiàn)虹膜睫狀體炎、視網(wǎng)膜脈絡(luò)膜炎等。

⑧泌尿生殖系原蟲(chóng)感染。如滴蟲(chóng)性陰道炎等。臨床上有尿道炎或陰道炎的征象。值得注意的是有些原蟲(chóng)所致病變常不局限于一個(gè)臟器，而是數(shù)臟器同時(shí)受累。