尖銳濕疣常需與生殖器癌、扁平濕疣、假性濕疣、生殖器鮑溫樣丘疹病及珍珠樣丘疹病鑒別。

（1）生殖器部位癌：皮損較硬，邊界不清，鱗狀上皮瘤有明顯的向深部浸潤，常形成潰瘍，有時應(yīng)進行病理組織學(xué)檢查。尖銳濕疣一般呈乳頭狀生長，病變淺表，很少浸潤面。

（2）扁平濕疣：為梅毒二期皮疹。扁平濕疣多發(fā)生于肛周及外生殖器周圍，基底寬，無蒂，外觀扁平，疣面潮濕、光滑。暗視野顯微鏡檢查可找到梅毒螺旋體，梅毒血清反應(yīng)為陽性。詳見梅毒部分。

（3）假性濕疣：又稱女性絨毛狀小陰唇，在成年女性的小陰唇內(nèi)側(cè)上出現(xiàn)魚卵狀或細小絨毛狀、排列規(guī)則的增生物，互不融合，長期不變，醋酸白試驗陰性。

（4）生殖器鮑溫樣丘疹病：本病較少見，主要與人類乳頭瘤病毒16型感染有關(guān)。表現(xiàn)為生殖器部位多發(fā)性棕紅色小丘疹，直徑2～10mm.臨床上很像尖銳濕疣，但組織學(xué)上類似鮑溫病的改變。作出這一診斷必須是專科醫(yī)師。

（5）珍珠樣丘疹病：發(fā)生于男性的龜頭，沿龜頭冠狀溝有排列整齊的大小一致的珍珠樣丘疹。米粒大小、圓頂、平滑，互不融合，長期不變。

（6）皮脂腺異位癥：丘疹在粘膜內(nèi)無重疊生長，多為淡黃色。

（7）傳染性軟疣：單個不融合的皮色半球形丘疹，周圍光滑，中央可擠出軟疣小體。

（8）軟下疳：外生殖器皮膚損害為不規(guī)則形潰瘍，伴痛性橫痃。潰瘍面滲出物涂片可能查到杜克雷桿菌。