小單孢菌屬菌絲體纖細，直徑0.3～0.6微米，無橫隔膜、不斷裂、菌絲體侵入培養(yǎng)基內，不形成氣生菌絲。只在菌絲上長出很多分枝小梗，頂端著生一個孢子。

菌落比鏈霉菌小得多，一般2-3毫米醫(yī)|學教育網搜集整理，通常橙黃色，也有深褐、黑色、藍色者；菌落表面覆蓋著一薄層孢子堆。此屬菌一般為好氣性腐生，能利用各種氮化物的碳水化合物。大多分布在土壤或湖底泥土中，堆肥的廄肥中也有不少。此屬約30多種，也是產抗生素較多的一個屬。例如慶大霉素即由絳紅小單孢菌和棘孢小單孢菌產生，有的能產生利福霉素、鹵霉素等共30余種抗生素。醫(yī)學認為，此屬菌產生抗生素的潛力較大，而且有的種還積累維生素B₁₂，應予重視。