在中醫(yī)學(xué)哲學(xué)基礎(chǔ)理論體系中，陰陽(yáng)學(xué)說(shuō)被用來(lái)闡釋人體的組織結(jié)構(gòu)、生理功能及病理變化，并用于指導(dǎo)疾病的診斷和治療。

　　（一）說(shuō)明人體的組織結(jié)構(gòu)

　　人體是一個(gè)有機(jī)整體，人體內(nèi)部充滿著陰陽(yáng)對(duì)立統(tǒng)一的關(guān)系。中醫(yī)學(xué)根據(jù)陰陽(yáng)學(xué)說(shuō)來(lái)“解剖"人體結(jié)構(gòu)，執(zhí)簡(jiǎn)馭繁，簡(jiǎn)單實(shí)用。從人體部位來(lái)說(shuō)，上部為陽(yáng)，下部為陰；體表為陽(yáng)，體內(nèi)為陰；背屬陽(yáng)，腹屬陰；四肢外側(cè)為陽(yáng)，四肢內(nèi)側(cè)為陰。以臟腑來(lái)分，五臟（心、肝、脾、肺、腎）屬陰，因其功能以靜為主；六腑（膽、胃、小腸、大腸、膀胱、三焦）屬陽(yáng)，因其功能以動(dòng)為主。五臟之中又可根據(jù)其位置分為陽(yáng)臟（心、肺）和陰臟（肝、脾、腎），每一臟腑之中又可將其功能歸為陽(yáng)，而其物質(zhì)歸為陰。此外，經(jīng)絡(luò)亦可分為陽(yáng)經(jīng)、陰經(jīng)等等。

　　（二）概括人體的生理功能

　　中醫(yī)學(xué)認(rèn)為人體的正常生命活動(dòng)是陰陽(yáng)兩個(gè)方面保持著對(duì)立統(tǒng)一的協(xié)調(diào)關(guān)系的結(jié)果。所謂健康就是陰陽(yáng)平衡狀態(tài)。人體的物質(zhì)基礎(chǔ)屬陰，而生理功能活動(dòng)屬陽(yáng)，二者互相依存。生理活動(dòng)以物質(zhì)為基礎(chǔ)，而生理活動(dòng)的結(jié)果又不斷促進(jìn)物質(zhì)的新陳代謝。如果人體的陰陽(yáng)不能相互依存，相互為用，人的生命就會(huì)中止。

　　（三）闡釋人的病理變化

　　陰陽(yáng)學(xué)說(shuō)還被中醫(yī)學(xué)用來(lái)說(shuō)明人體的病理變化，認(rèn)為疾病的發(fā)生，是人體陰陽(yáng)失衡所致。陰陽(yáng)失調(diào)的表現(xiàn)形式很多，可歸納為陰或陽(yáng)的偏盛偏衰，以及對(duì)另一方的累及等，這些可統(tǒng)稱為“陰陽(yáng)不和”。許多情況下，疾病發(fā)生、發(fā)展的過(guò)程，就是正邪抗?fàn)?，各有勝?fù)的過(guò)程。這一過(guò)程可以用陰陽(yáng)偏勝、陰陽(yáng)偏衰、陰陽(yáng)互損、陰陽(yáng)轉(zhuǎn)化作概括性的解釋。

　　陰陽(yáng)偏勝包括陰偏勝和陽(yáng)偏勝，是指在邪氣作用下（或本身機(jī)能病理性亢奮）所致的陰或陽(yáng)的任何一方高于正常水平的病變，《素問(wèn)·陰陽(yáng)應(yīng)象大論》說(shuō)：“陰勝則陽(yáng)病，陽(yáng)勝則陰病。陽(yáng)勝則熱，陰勝則寒”。

　　陰陽(yáng)偏衰包括陰偏衰（陰虛）和陽(yáng)偏衰（陽(yáng)虛），指陰或陽(yáng)低于正常水平的病理變化?！端貑?wèn)·調(diào)經(jīng)論》指出：“陽(yáng)虛則外寒，陰虛則內(nèi)熱”。由于陽(yáng)虛，不能制約陰寒，可出現(xiàn)虛寒征象，即陽(yáng)消陰長(zhǎng)，“陽(yáng)虛則寒”；陰虛，無(wú)力制約陽(yáng)，可出現(xiàn)虛熱征象，即陰消陽(yáng)長(zhǎng)，“陰虛則熱”。

　　陰陽(yáng)互損指體內(nèi)的正氣，特別是陰液與陽(yáng)氣之間的病理關(guān)系，包括陰損及陽(yáng)和陽(yáng)損及陰。陰陽(yáng)互損體現(xiàn)了陰陽(yáng)互根互用的關(guān)系。陰陽(yáng)互損的最終表現(xiàn)為“陰陽(yáng)俱損”、“陰陽(yáng)兩虛”。

　　陰陽(yáng)轉(zhuǎn)化指陰陽(yáng)失調(diào)所表現(xiàn)出的病理現(xiàn)象，在一定的條件下可以相互轉(zhuǎn)化，《素問(wèn)·陰陽(yáng)應(yīng)象大論》中的“重寒則熱，重?zé)釀t寒”、“重陰必陽(yáng)，重陽(yáng)必陰”就是說(shuō)明這類(lèi)病理情況。

　　（四）指導(dǎo)疾病的診斷和治療

　　由于中醫(yī)認(rèn)為疾病發(fā)生發(fā)展的原因是陰陽(yáng)失調(diào)，所以對(duì)于任何疾病，無(wú)論其病情如何復(fù)雜多變，都可以用陰陽(yáng)學(xué)說(shuō)加以診斷。中醫(yī)診斷疾病首先要分清陰陽(yáng)，既可以用陰陽(yáng)來(lái)概括證型，又可以用陰陽(yáng)來(lái)分析四診。如望診色澤鮮明者屬陽(yáng)，晦暗者屬陰；聞診聲音洪亮者屬陽(yáng)，語(yǔ)聲低微者屬陰；脈象浮、數(shù)、洪大者屬陽(yáng)，沉、遲、細(xì)小者屬陰等等。從證型來(lái)看，病位在表屬陽(yáng)，實(shí)證屬陽(yáng)，熱證屬陽(yáng)；而病位在里屬陰，虛證屬陰，寒證屬陰等。

　　在決定治療原則和臨床用藥時(shí)，中醫(yī)學(xué)也是以陰陽(yáng)學(xué)說(shuō)作為指導(dǎo)的。如對(duì)于陽(yáng)邪過(guò)盛所致的實(shí)熱證，以熱者寒之的原則用寒涼藥物清熱；對(duì)于陰盛所致的寒實(shí)證，則應(yīng)以寒者熱之的原則用溫?zé)崴巵?lái)祛寒。而對(duì)于陰虛所致的虛熱證，要以滋陰藥以補(bǔ)虛；對(duì)于陽(yáng)虛引起的虛寒證，則要以溫陽(yáng)藥以補(bǔ)陽(yáng)。在陰陽(yáng)兩虛的情況下，就必須陰陽(yáng)兩補(bǔ)，如氣血雙補(bǔ)。六味地黃丸之山茱萸之“陽(yáng)中求陰”就是根據(jù)陰陽(yáng)互根互用原理制定的。

　　陰陽(yáng)學(xué)說(shuō)還可用來(lái)概括中藥的性味，并用以指導(dǎo)臨床使用。一般來(lái)說(shuō)，寒、涼藥屬陰，溫、熱藥屬陽(yáng)；味酸、苦、咸者屬陰，味辛、甘、淡者屬陽(yáng)；具有收斂、沉降作用者屬陰，而具發(fā)散、升浮作用者屬陽(yáng)。在臨床用藥時(shí)，應(yīng)當(dāng)根據(jù)疾病的陰陽(yáng)性質(zhì)決定治療原則，再根據(jù)藥物的陰陽(yáng)屬性來(lái)決定用藥。