免疫PCR的高敏感性使低于常規(guī)檢測方法極限的痕量抗原的檢測成為可能。目前主要用于檢測腫瘤標(biāo)志物、細胞因子、神經(jīng)內(nèi)分泌活性多肽、病毒抗原、細菌、酶、支原體、衣原體等微量抗原。免疫缺陷病人血中的IL^-18低于正常人水平，ELISA法檢測受到一定的局限，F(xiàn)uruga用免疫PCR成功的檢測到2.5pg/L的IL^-18，其敏感性比ELISA高1.6×10⁴倍。用免疫PCR檢測β葡萄酸酶也取得了類似的結(jié)果。