將雞胚卵黃囊或細胞培養(yǎng)的沙眼衣原體高度提純，于電鏡下檢查，可見原體呈球形或類球形，胞漿膜外有剛性細胞壁，壁外有平滑表層。始體的體積較大，形狀不甚規(guī)則，其包膜富有韌性，無剛性的細胞壁，原體和始體內皆含有DNA與RNA.

沙眼衣原體具有特殊的染色性狀，不同的發(fā)育階段其染色有所不同。成熟的原體以Giemsa 染色為紫色，與監(jiān)色的宿主細胞漿呈鮮明無比。始體以 Giemsa 染色呈藍色。醫(yī)學`教育網(wǎng)搜集整理沙眼衣原體對革蘭氏染色雖然一般反應為陰性，但變化不恒定。沙眼包涵體在上皮細胞漿內，很致密，如以Giemsa染色，則呈深紫色，由密集的顆粒組成。其基質內含有糖原，以Lugol液染色呈棕褐色斑塊。