農(nóng)民肺的致病菌是繁殖于發(fā)霉的稻草、麥秸、干草、谷類中的高溫放線菌，主要是干草小多孢菌、普通高溫放線菌、白色高溫放線菌、綠色高溫單孢菌和熱吸水鏈霉菌等。從病人生產(chǎn)環(huán)境中接中接觸的霉稻草和生活環(huán)境中的鋪草、柴草以及病人的痰中可分離、培養(yǎng)出致病菌。

關(guān)于發(fā)病機制還不完全清楚，可能與Ⅲ型變態(tài)反應(yīng)有關(guān)，因為患者和實驗動物血清中均可檢測出高溫放線菌相關(guān)的特異性免疫復(fù)合物和沉淀素抗體。應(yīng)用免疫熒光組織化學(xué)染色技術(shù)醫(yī)學(xué)教`育網(wǎng)整理，可在復(fù)制的農(nóng)民肺動物模型的肺組織中證實在肺泡壁、毛細血管壁以及單核巨噬細胞胞漿內(nèi)有IgG沉積。肺部病變中出現(xiàn)的類上皮細胞性肉芽腫，似乎也提示有Ⅳ型變態(tài)反應(yīng)參與。也有人認為，高溫放線菌產(chǎn)生的蛋白分解酶對肺組織的直接損傷可能也與農(nóng)民肺的發(fā)病有關(guān)。