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通過蜱的叮咬森林腦炎病毒進(jìn)入人體，在接觸局部淋巴結(jié)或單核-巨噬細(xì)胞后，病毒包膜E蛋白與細(xì)胞表面受體相結(jié)合，然后融合而穿入細(xì)胞內(nèi)，病毒在淋巴結(jié)和單核巨噬細(xì)胞系統(tǒng)內(nèi)進(jìn)行復(fù)制。復(fù)制的病毒不斷釋放而感染肝、脾等臟器。感染后3～7天，復(fù)制的病毒大量釋放至血液中形成病毒血癥，可表現(xiàn)病毒血癥癥狀，病毒隨血流進(jìn)腦毛細(xì)血管，最后侵入神經(jīng)細(xì)胞，亦可通過淋巴及神經(jīng)途徑抵達(dá)中樞神經(jīng)系統(tǒng)健康搜索，產(chǎn)生廣泛性炎癥改變，臨床上表現(xiàn)為明顯的腦炎癥狀。

蜱傳腦炎病毒侵入人體后是否發(fā)病，決定于侵入人體病毒數(shù)量及人體免疫功能狀態(tài)，若侵入人體的病毒量少，在病毒進(jìn)入單核巨噬細(xì)胞系統(tǒng)復(fù)制過程中或復(fù)制后經(jīng)血流進(jìn)入中樞神經(jīng)系統(tǒng)的行程中，被機體細(xì)胞介導(dǎo)免疫、補體、抗體等人體免疫功能所滅活，則不發(fā)病。若僅少數(shù)病毒侵入中樞神經(jīng)系統(tǒng)，且毒力弱，不足以造成嚴(yán)重病理損傷，此時，則不引起發(fā)病或癥狀很輕。若人體細(xì)胞免疫功能低下或缺陷，大量病毒侵入人體，且病毒毒力強，侵入中樞神經(jīng)系統(tǒng)后可引起大量神經(jīng)細(xì)胞破壞。此外，人體免疫功能火罐網(wǎng)在對抗病毒抗原反應(yīng)中也可引起神經(jīng)髓鞘的脫失和周圍血管及血管組織的破壞。由于血管破壞引起循環(huán)障礙，又進(jìn)一步引起相應(yīng)神經(jīng)組織的受損，這樣，臨床上出現(xiàn)明顯癥狀和典型病程經(jīng)過。

森林腦炎病理改變廣泛，大腦半球灰質(zhì)、白質(zhì)及腦膜均可累及，脊髓頸段、腦橋、中腦及基底神經(jīng)節(jié)病變常較為嚴(yán)重，這是因為血管分布特別多的網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)中病毒特別多之故。與乙型腦炎不同，本病脊髓亦有明顯損害，頸段比胸、腰段重，灰質(zhì)比白質(zhì)重。腦及脊髓病變主要為炎性滲出性病變，表現(xiàn)為出血、充血、血管周圍淋巴細(xì)胞套狀浸潤，神經(jīng)細(xì)胞變性、壞死及神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞增生，亦可出現(xiàn)退行性病變。體內(nèi)臟器肝、腎、心、肺均可出現(xiàn)滲出性和退行性病變。