細(xì)菌的分類(lèi)的變化根本上反應(yīng)了發(fā)展史思想的變化，許多種類(lèi)甚至經(jīng)常改變或改名。最近隨著基因測(cè)序，基因組學(xué)，生物信息學(xué)和計(jì)算生物學(xué)的發(fā)展，細(xì)菌學(xué)被放到了一個(gè)合適的位置。

　　最初除了藍(lán)細(xì)菌外（它完全沒(méi)有被歸為細(xì)菌，而是歸為藍(lán)綠藻），其他細(xì)菌被認(rèn)為是一類(lèi)真菌。隨著它們的特殊的原核細(xì)胞結(jié)構(gòu)被發(fā)現(xiàn)，這明顯不同于其他生物（它們都是真核生物），導(dǎo)致細(xì)菌歸為一個(gè)單獨(dú)的種類(lèi)，在不同時(shí)期被稱(chēng)為原核生物，細(xì)菌，原核生物界。一般認(rèn)為真核生物來(lái)源于原核生物。通過(guò)研究rRNA序列，美國(guó)微生物學(xué)家伍茲（Carl Woese）于1976年提出，原核生物包含兩個(gè)大的類(lèi)群。他將其稱(chēng)為真細(xì)菌（Eubacteria）和古細(xì)菌（Archaebacteria），后來(lái)被改名為細(xì)菌（Bacteria）和古菌（Archaea）。伍茲指出，這兩類(lèi)細(xì)菌與真核細(xì)胞是由一個(gè)原始的生物分別起源的不同的種類(lèi)。研究者已經(jīng)拋棄了這個(gè)模型，但是三域系統(tǒng)獲得了普遍的認(rèn)同。這樣，細(xì)菌就可以被分為幾個(gè)界，而在其他體系中被認(rèn)為是一個(gè)界。它們通常被認(rèn)為是一個(gè)單源的群體，但是這種方法仍有爭(zhēng)議。