常多發(fā)于原已有病的心臟，近年來發(fā)生于原無心臟病變者日益增多，尤其見于接受長時間經(jīng)靜脈治療、靜脈注射麻醉藥成癮、由藥物或疾病引起免疫功能抑制的患者。人工瓣膜置換術后的感染性心內膜炎也有增多。

左側心臟的心內膜炎主要累及主動脈瓣和二尖瓣，尤多見于輕至中度關閉不全者。右側心臟的心內膜炎較少見，主要累及三尖瓣。各種先天性心臟病中，動脈導管未閉、室間隔缺損、法樂四聯(lián)癥最常發(fā)生，在單個瓣膜病變中，二葉式主動脈瓣狹窄最易發(fā)生，瓣膜脫垂（主動脈瓣、二尖瓣）也易患本病。上海中山醫(yī)院對1980～1995年期間82例感染性心內膜炎行人工瓣膜置換術所切除的標本病理檢查結果顯示，在原有心臟器質性病變的55例中，先天性二葉式主動脈瓣畸形占20例（36%），主動脈瓣脫垂為10例（18%）。肥厚型梗阻型心肌病、退行性瓣膜病變、冠心病罹患本病者也有報道。

急性感染性心內膜炎常因化膿性細菌侵入心內膜引起，多由毒力較強的病原體感染所致。金黃色葡萄球菌幾占50%以上。亞急性感染性心內膜炎在抗生素應用于臨床之前，80%為非溶血性鏈球菌引起，主要為草綠色鏈球菌的感染。近年來由于普遍地使用廣譜抗生素，致病菌種已明顯改變，幾乎所有已知的致病微生物都可引起本病，同一病原體可產(chǎn)生急性病程，也可產(chǎn)生亞急性病程。且過去罕見的耐藥微生物病例增加。草綠色鏈球菌發(fā)病率在下降，但仍占優(yōu)勢。金黃色葡萄球菌、腸球菌、表皮葡萄球菌、革蘭陰性菌或真菌的比例明顯增高。厭氧菌、放線菌、李斯特菌偶見。兩種細菌的混合感染時有發(fā)現(xiàn)。真菌尤多見于心臟手術和靜脈注射麻醉藥物成癮者中。長期應用抗生素或激素、免疫抑制劑、靜脈導管輸給高營養(yǎng)液等均可增加真菌感染的機會。其中以念珠菌屬、曲霉菌屬和組織胞漿菌較多見。

在心瓣膜病損、先天性心血管畸形或后天性動靜脈瘺的病變處，存在著異常的血液壓力階差，引起血液強力噴射和渦流。血流的噴射沖擊，使心內膜的內皮受損、膠原暴露，形成血小板-纖維素血栓。渦流可使細菌沉淀于低壓腔室的近端、血液異常流出處受損的心內膜上。正常人血流中雖時有少數(shù)細菌自口腔、鼻咽部、牙齦、檢查操作或手術等傷口侵入引起菌血癥，大多為暫時的，很快被機體消除，臨床意義不大。但反復的暫時性菌血癥使機體產(chǎn)生循環(huán)抗體，尤其是凝集素，它可促使少量的病原體聚集成團，易粘附在血小板-纖維素血栓上而引起感染。

主動脈瓣關閉不全時常見的感染部位為主動脈瓣的左室面和二尖瓣腱索上；二尖瓣關閉不全時感染病灶在二尖瓣的心房面和左房內膜上；室間隔缺損則在右室間隔缺損處的內膜面和肺動脈瓣的心室面。然而當缺損面積大到左、右心室不存在壓力階差或合并有肺動脈高壓使分流量減少時則不易發(fā)生本病。在充血性心力衰竭和心房顫動時，由于血液噴射力和渦流減弱，亦不易發(fā)生本病。