北京中醫(yī)藥大學研究生院，1999年，學校研究生部被教育部、國務院學位委員會授予 “ 全國與研究生教育管理工作先進集體 ” 榮譽稱號。在研究生教育中，學校嚴把入學質量關，研究生錄取嚴格按國家統(tǒng)一錄取標準；對研究生的知識掌握明確提出 “ 一級學科的信息 ” 、 “ 二級學科基本功 ” 和 “ 三級學科專功 ” 的三級要求；強調研究生教育與學科建設緊密結合，重視二級學科培養(yǎng)規(guī)范，學位課程設置體現(xiàn)了中醫(yī)基礎與臨床、中醫(yī)藥學與現(xiàn)代生命科學緊密結合的趨勢。近幾年來，在不斷加大博士生以及外國留學生在研究生中的招收比例的同時，積極開展在職人員以同等學力申請學位、博士后進站、基礎學科優(yōu)秀研究生提前攻讀博士學位等工作。學校在遴選本校博士生導師的同時，還接受校外兼職博士生導師的申請。北京中醫(yī)藥大學的研究生教育經過奠定基礎、調整穩(wěn)定、逐步發(fā)展，已經形成具有一定規(guī)模的、專業(yè)門類比較齊全的中醫(yī)、中藥、中西醫(yī)結合研究生教育體系。