香港大學深圳醫(yī)院產權歸深圳市政府所有，由深港雙方共同組建的醫(yī)院決策和管理團隊進行管理。雙方在醫(yī)院管理體制、財政投入機制、人事分配制度、保障公益性、企業(yè)化運行、成本管理、服務模式以及提高服務質量和工作效率等領域大膽改革，推動“政事分開、管辦分開、醫(yī)藥分開、營利與非營利分開”。

根據深港雙方合作協(xié)議，香港大學深圳醫(yī)院將堅持公立醫(yī)院屬性，納入我市公立醫(yī)院服務體系，優(yōu)先滿足深圳市民的基本醫(yī)療衛(wèi)生需求，保障醫(yī)療衛(wèi)生服務的公益性。

2013年1月4日，深圳市衛(wèi)人委在其官網上發(fā)布信息，批復了香港大學深圳醫(yī)院成為香港大學附屬醫(yī)院的申請，同時也同意其增設小兒外科、腫瘤科、麻醉科及開展健康體檢服務。

到2015年醫(yī)院全面投入使用后醫(yī)學|教育網|搜集整理，能容納2000張病床，滿足日均8000人次的診療需求。醫(yī)院將實行臨床診療中心為主導的現(xiàn)代醫(yī)院服務模式，普通門診與�？崎T診分離，實施國際專業(yè)水平認證。