安徽中醫(yī)藥大學(xué)研究機(jī)構(gòu)：

截至2014年12月，學(xué)校有4個(gè)省級(jí)科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)|搜集整理，24個(gè)省級(jí)以上重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室及工程（技術(shù)）研究中心，建立了安徽省計(jì)算機(jī)中醫(yī)應(yīng)用研究所、臨床醫(yī)學(xué)研究所、現(xiàn)代中藥研究中心、科研實(shí)驗(yàn)中心、藥物研究所、中西醫(yī)結(jié)合研究所、新安醫(yī)學(xué)研究中心、中醫(yī)藥研究所、神經(jīng)病學(xué)研究所等研究機(jī)構(gòu)，此外該校還建立了安徽省中藥材科技產(chǎn)業(yè)戰(zhàn)略聯(lián)盟。

教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室：新安醫(yī)學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

安徽省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室：針灸基礎(chǔ)與技術(shù)安徽省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、現(xiàn)代中藥安徽省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、安徽省中藥研究與開(kāi)發(fā)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。

安徽省工程技術(shù)研究中心：現(xiàn)代中藥安徽省工程技術(shù)研究中心。

安徽省2011協(xié)同創(chuàng)新中心：安徽道地中藥品質(zhì)提升協(xié)同創(chuàng)新中心。

國(guó)家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研實(shí)驗(yàn)室（基地）：現(xiàn)代中醫(yī)內(nèi)科應(yīng)用基礎(chǔ)與開(kāi)發(fā)研究實(shí)驗(yàn)室、數(shù)字化影像技術(shù)實(shí)驗(yàn)室、中藥藥劑實(shí)驗(yàn)室、神經(jīng)生物學(xué)（針灸）實(shí)驗(yàn)室、免疫實(shí)驗(yàn)室、細(xì)胞分子生物學(xué)（腦�。�實(shí)驗(yàn)室、慢性阻塞性肺疾病肺氣虛證重點(diǎn)研究室、國(guó)家中醫(yī)臨床研究基地。