浙江醫(yī)藥高等專科學校藥學系始建于2001年。

藥學系下設有藥物化學、藥物制劑、藥學和醫(yī)藥基礎4個教研室，開設藥物制劑技術和化學制藥技術（藥物合成技術）2個專業(yè)，其中《藥物制劑技術專業(yè)》為學校拳頭專業(yè)，2001年5月被浙江省教育廳批準為省重點建設專業(yè)。

藥學系主要承擔《藥劑學》、《藥物化學》、《藥理學》、《醫(yī)藥基礎》、《藥學英語》《制劑設備》《藥物商品學》、《醫(yī)學基礎》、《化工原理》等20余門專業(yè)與專業(yè)基礎課程。

藥學系擁有一支專業(yè)知識扎實，梯隊結構合理的師資隊伍醫(yī)學教育網(wǎng)編輯整|理，積累了豐富的辦學經(jīng)驗。目前全系共有教職員工35人，其中專兼職教師13人。教師中具有高級職稱的教師有9人，碩士研究生達70%以上?，F(xiàn)有在校全日制學生2013名，其中藥物制劑技術專業(yè)學生1381人，化學制藥技術（藥物合成技術）專業(yè)632人。

藥物制劑技術專業(yè)學生具備藥物制劑、設備維護、質量控制等專業(yè)理論知識和實踐技能，畢業(yè)后能從事藥物制劑生產(chǎn)、質量控制、技術改造、生產(chǎn)管理、藥品經(jīng)營等高級技術應用性工作。該專業(yè)歷屆畢業(yè)生素質高、成績好、能力強，深受全省各醫(yī)藥工商企業(yè)的歡迎和好評。

產(chǎn)所必需的合成藥品制備、設備維護等專業(yè)理論知識和實踐技能，畢業(yè)后能從事藥物化學、化學制藥生產(chǎn)、經(jīng)營和管理、新工藝和新設備開發(fā)等工作。隨著我國加入WTO，藥物合成技術專業(yè)的畢業(yè)生也逐漸受到醫(yī)藥工業(yè)企業(yè)的重視和歡迎。