根據(jù)上述臨床特征，在大規(guī)模流行時，診斷不困難。但散在發(fā)生時，須與口蹄疫、皰疹性咽頰炎、風(fēng)疹等鑒別：

（1）口蹄疫由口蹄疫病毒引起，目前有7個血清型、65個亞型。主要侵犯豬、牛、馬等家畜。對人雖然可致病，但不敏感。一般發(fā)生于畜牧區(qū)，成人牧民多見，四季均有。口腔粘膜疹易融合成較大潰瘍，手背及指、趾間有疹子，有癢痛感。

（2）皰疹性口炎四季均可發(fā)病，以散在為主。一般無皮疹，偶爾在下腹部可出現(xiàn)皰疹。

（3）皰疹性咽頰炎，可由CoxA組病毒引起，病變在口腔后部；如扁桃體、軟腭、懸雍垂，很少累及頰粘膜醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)整理、舌、齦。不典型、散在性HFMD很難與出疹發(fā)熱性疾病鑒別，須做病原學(xué)及血清檢查。

醫(yī)生通常能根據(jù)病人的年齡、病人或家長的訴說的癥狀，及檢查皮疹和潰瘍來鑒別手足口病和其他原因所致的口腔潰瘍?？蓪⒀适米踊蚣S便標(biāo)本送至實驗室檢測病毒，但病毒檢測需要2～4周才能出結(jié)果，因此醫(yī)生通常不提出做此項檢查。依據(jù)：流行病學(xué)資料、臨床表現(xiàn)、實驗室檢查、確診時須有病原學(xué)的檢查依據(jù)。