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1.細菌：成人糞便中主要的菌群是大腸埃希菌、腸球菌和厭氧菌，約占80%。另外，還有少量的產氣桿菌、變形桿菌、芽胞菌及酵母菌等。

健康嬰幼兒糞便中主要是雙歧桿菌、擬桿菌、腸桿菌、腸球菌、葡萄球菌等。

糞便中球菌和桿菌的比例大約為1:10。長期使用廣譜抗生素、免疫抑制劑及慢性消耗性疾病患者可發(fā)生腸道菌群失調，引起革蘭陰性桿菌數(shù)量嚴重減少甚至消失，而葡萄球菌或真菌等明顯增多，糞便中球菌/桿菌比值變大。

2.寄生蟲卵

腸道寄生蟲感染時可見到的蟲卵有蛔蟲卵、鞭蟲卵、鉤蟲卵、蟯蟲卵、血吸蟲卵、肺吸蟲卵、肝吸蟲卵、姜片蟲卵等。臨床上常采用飽和鹽水漂浮法、離心沉淀法、靜置沉淀集卵法等方法來提高陽性檢出率。

3.腸道原蟲

（1）溶組織阿米巴

（2）藍氏賈第鞭毛蟲

（3）隱孢子蟲

（4）人芽孢子蟲

4.酵母菌

糞便中?？梢姷浇湍妇?，為卵圓形，其排列因芽生增殖呈出芽或短鏈狀。

5.真菌

正常糞便中少見，應排除容器污染或糞便顯露室溫下過久污染所致。真菌孢子直徑約3～5μm，橢圓形，有較強的折光性，革蘭染色陽性，大都有菌絲同時出現(xiàn)。一般見于應用大量抗生素所致的腸道菌群紊亂，引起真菌性二重感染。

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