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這是目前用于順序分析的最主要的方法。它的原理是從N端開始,逐步降解。將肽先與異硫氰酸苯酯(PTH試劑)在pH8-9條件下作用,肽的NH2末端接到異硫氰酸苯酯的C原子上生成苯異硫甲氨酰肽,簡稱PTC肽,在強酸作用下,可使靠近PTC基的氨基酸環(huán)化,肽鍵斷裂形成苯氨基噻唑啉酮衍生物和一個失去末端氨基酸的肽鏈。此肽不被破壞,因而又可出現(xiàn)一個新的N-末端。重復以上的步驟,繼續(xù)與PTH試劑作用,繼續(xù)分析,苯氨基噻唑啉酮衍生物很容易由有機溶劑抽提出來進行鑒定。但此衍生物很不穩(wěn)定,在水中可轉化為穩(wěn)定的乙內(nèi)酰苯硫脲氨基酸(PTH-氨基酸)。這些步驟通常稱為Edman氏逐步降解法。所以可用來測定氨基酸的排列順序。Edman降解法的優(yōu)點是樣品用量少,靈敏度高。
PTH-氨基酸的鑒定可以用各種層析方法,如紙層析、薄層層析、氣相層析和質(zhì)譜法等,現(xiàn)在多用高壓液相層析法。雖然此方法具有很多優(yōu)點,但是由于操作繁瑣,工作量大,所以目前有人根據(jù)Edman降解的原理作一系列改進。